Кеккей генкай – это умения, передающиеся от родителей к детям. Это генетическое наследие, дающее нинзям уникальные способности и физические черты, недоступные никому в мире, кроме них.
Также существуют нинзя обладающие уникальными способностями, ктороые не может повторить никто, однако их родословные неизвестны.

Бьякоган - Белый глаз (клан Хьюга)

Использующие персонажи: Хьюга Хината, Хьюга Неджи, Хьюга Хияши, Хьюга Ханаби
Дзютсу: додзютсу
Бьякуган – это наследная черта клана Хьюга. Этот клан участвовал в создании деревни Скрытого Листа и является одним из самых уважаемых кланов в этой деревне. Как говорят, клан Хьюга является предком клана Учиха, чьей особенностью является Шаринган. Когда Бьякуган активирован, он дает члену клана обостренное чувство восприятия. Нинзя начинает видеть сквозь препятствия и получает угол обзора почти в 360 градусов. Однако у Бьякугана есть слепое пятно расположенное возле верхнего позвонка, что не дает нинзя возможность видеть эту область. Также такие глаза обладают способностью видеть тенкецу противника – точки циркуляции чакры.
Члены клана используют Бьякуган вместе с уникальным боевым стилем мягкой руки (Джуукен), разработанным в клане. Испуская пальцами чакру, и попадая в тенкецу противника, нинзя может ускорить или полностью остановить поток его чакры, тем самым не давая ему возможности использовать свои техники. Так как вокруг внутренних органов расположена сеть циркуляции чакры, точное попадание может поразить любой внутренний орган не оставляя внешних повреждений.

Обладание Хьёутоном (клан Хаку)

Ипользующие персонажи: Хаку
Дзютсу: Ниндзютсу
Неизвестная техника управления льдом – это наследная черта клана Хаку, происходящего из страны Воды. Уникальная техника льда формируется одновременным использованием техник воды и ветра. Жители страны Воды обвиняли кланы кеккей генкай в постоянных войнах и сражениях. Объединившись, они уничтожили почти всех представителей этих кланов. Оставшимся в живых было запрещено использовать свои способности под страхом смерти. Мать Хаку сбежала из клана и женилась на жителе страны Воды. Когда ее муж узнал, что их сын унаследовал способности клана, он убил ее и хотел убить и Хаку. Хаку, не достаточно хорошо управлявший своей силой пытался защититься с ее помощью, создав стену из льда. Однако, защищяясь он убил отца. Бездомный Хаку был позже найден Забузой Мамочи, который надеялся использовать уникальные возможности Хаку в своих грязных делах.
Сила Хаку давала ему возможность превращать воду в лед и менять его форму. Он научился превращать лед в сенбон (специальная игла) и зеркала. Техника Хаку позволяля ему взывать к ней, используй печати, формируемые лишь одной рукой, чего никогда не делали другие нинзя. Основными джутсу Хаку были Сенсацу Суишоу и Макьё Хьёшоу.
Джутсу Сенсацу Суишоу заключалось в превращении воды в ледяные сенбоны. СначалаХаку ударял по воде, отчего вверх взмывали брызги, а затем эти брызги превращал в огромное количество ледяных сенбонов. По его желанию сенбоны обрушивались на врага сплошным дождем.
Джутсу Макьё Хьёшоу заключалось в превращении окружающей воды в огромные зеркала, которые окружали цель, не давая ей выскользнуть за этот периметр. После этого Хаку входил в одно из зеркал и тут же его отражение появлялось в других, что отвлекало цель. Перемещаясь между зеркалами почти мгновенно, Хаку мог бросать сенбоны, оставаясь невидимым для врага. Однако эта техника требовала огромного количества чакры.

Риненган - Глаз Переселения
Использующие персонажи: Рикудо, Нагато (Пейн)
Дзютсу:додзютсу
Риннеган – наследная черта отшельника Рикудо и его потомков. Отшельник Рокюдо считается первым шиноби и среди трех основных доуджутсу,его способность считается самой могущественной. Он является изобретателем большинства видов нинджутсу. Риннеган мог служить целям и созидания и разрушения. Считается, что нинзя, обладающий Риннеганом может использовать все доступные разновидности техник (имеется ввиду техник огня, воды, ветра, земли и молнии).
Истинное могущество Риннегана в настоящее время неизвестно. Сирота из деревни Дождя Нагато, являющийся наследником этого Доуджутсу, использовал Риннеган подсознательно, когда был испуган или если ему угрожала опасность. Он впадал в бешенство, что позволяло ему побеждать намного более сильных своих противников. Нагато, известный как Пейн, является лидером Акацуки, а также входит в группу мятежников деревни Дождя. С помощью Риннегана он может перемещать свой разум в другие тела, что делает его практически неуязвимым.

Шаринган - Копирующий глаз (Клан Учиха)

Шаринган – наследная черта клана Учиха. Считается, что клан Учиха является потомком клана Хьюга, а его Шаринган не что иное как эволюционировавшийся Бьякуган. Это Доудзютсу имеет способность моментально определить разновидность нинджутсу, генджутсу или тайджутсу и принять контрмеры. Также носитель Шарингана обладает способностью моментально запомнить и повторить джутсу врага. Однако, носитель Шарингана не может повторить джутсу, которые являются уникальными способностями кеккей генкай, а также если нинзя не хватает чакры на выполнение дзютсу.
Член клана Учиха не обладает Шаринганом с самого рождения; он появляется позже, обычно во время жестоких сражений или стрессовых ситуаций. Шаринган может быть трансплантирован шиноби, не принадлежащему к клану медиком специалистом, как это произошло с Хатаке Какаши, Шаринган которому передал его друг Учиха Обито. Однако, поскольку его тело не приспособлено с рождения к Шарингану, это умение забирает у него гораздо больше чакры, чем у представителя клана Учиха. Чтобы уменьшить воздействие Шарингана на свое тело Какаши обычно скрывает его под повязкой. Однако Какаши хоть и не является Учиха, но он смог улучшить свой Шаринган.
Шаринган может содержать в себе три Томоэ («запятых»). Количество Томоэ в глазу свидетельствует об уровне развития Шарингана. Существует также редчайшая форма Шарингана – Мангекю, чье развитие выходит за рамки количества Томоэ, но об этом читайте далее. Обладатель двух Томоэ в состоянии отслеживать движения противника и немного копировать их. Однако если скорость атак слишком высока, помочь могут только три Томоэ, что считается наивысшей формой стандартного Шарингана.
Также два Томоэ позволяют отличать генджутсу от реальности. Такой Шаринган может отличить реальную угрозу от иллюзорной. Также такой Шаринган в состоянии различить потоки чакры, однако он не может различить тенкецу и увидеть полную систему циркуляции чакры. На это способен лишь Бьякуган.
Глаз, содержащий три Томоэ в состоянии различить мельчайшие движения противника. Эта способность предотвращает ненужные движения и позволяет нинзя более экономно расходовать чакру. Различая движения противника носитель Шарингана может нанести удар за мгновение до того, как это сделает противник.
Три Томоэ позволяют нинзя накладывать генджутсу или гипнотизировать одним лишь взглядом. Также Шаринган с тремя Томоэ в состоянии отразить генджутсу на использовавшего его, при этом нинзя нет необходимости складывать печати руки.

Мангекью шаринган - Калейдоскоп копирующих глаз (клан Учиха)

Использующие персонажи: Учиха Итачи, Учиха Мадара, Хатаке Какаши
Шаринган – наследная черта клана Учиха. Однако его редчайшая форма Мангекю Шаринган проявилась у немногих. Чтобы получить Мангекю носитель Шарингана должен убить своего лучшего друга, как это сделал Итачи, убив своего друга Шисуи. Итачи сказал своему младшему брату Саске, что если он хочет получить Мангекю, то должен убить своего лучшего друга, а также сказал что в свитке, хранящемся в храме клана, записана главная тайна Шарингана (однако до сих пор читателей не посветили в эту тайну). Итачи сказал, что если Саске овладеет Мангекю Шаринганом, то станет третьим человеком в истории, помимо Итачи, овладевшим этим искусством. По прошествии времени становится известно, что Хатаке Какаши тоже обладает Мангекю, однако его Шаринган отличается о Шарингана Итачи. Поэтому непонятно, кого же имел ввиду Итачи: Какаши, или настоящего владельца этого глаза Учиху Обито.
Использование Мангекю требует сравнительно небольших запасов чакры, по сравнению с другими техниками. Известны пока три возможности Мангекю – Аматерасу, Цукуёми и безымянная возможность. Аматерасу и Цукуёми – это имена мифологических богов. В японской мифологии у этих двух богов был брат Сусаноо; в принципе третью технику можно назвать его именем.
Техника Аматерасу (Богиня Солнца) – это нинджутсу, которое используется Мангекю, чтобы создать мощное черное пламя. Этот огонь может пробить любой барьер, и как говорят будет гореть 7 дней и 7 ночей.
Техника Цукуёми (Бог Луны) – это генджутсу, которое используется Мангекю, чтобы поместить цель в мир иллюзии. Однако эта иллюзия невероятно реальна. Посредством зрительного контакта носитель Мангекю Шарингана помещает цель в мир Бога Луны, где он контролирует пространство и время. После этого носитель Мангекю может подвергнуть врага любым страданиям. Поскольку это генджутсу полностью берет под контроль определенный участок мозга, то боль от пыток в мире иллюзии реальна. В реальном мире техника длится всего секунду, однако в мире иллюзии может пройти несколько дней. Известно, что это генджутсу может одолеть истинный носитель Шарингана, однако если он сам обладает Мангекю или хотя бы тремя Томоэ в своем Шарингане.
Третью технику, которую использует Хатаке Какаши можно назвать Сусаноо (Бог Моря и Штормов). Какаши, складывая печати руки активизировал свой Шаринган, а затем трансформировал его в Мангекю. Взгляд, сосредоточенный на цели деформирует и разрушает материю, отправляя ее в небытие. При этом образуется дыра примерно полуметрового диаметра.

Неизвестная возможность Ранмару

Использующие персонажи: Ранмару
Дзютсу-неизвестно Ранмару сирота, выросший в Водной Стране. Неизвестно, что случилось с его родней, однако скорее всего они были убиты разгневанными жителями. Ранмару способен видеть сквозь любые препятствия, а также обладает способностью создавать мнимые системы циркуляции чакры. Конечно, взгляд Ранамару не обладает свойствами Бьякугана (обзор почти 360 градусов), но в принципе может с легкостью противостоят ему.
Взгляд Ранмару в состоянии различить теплющуюся жизнь даже тогда, когда этого не способен сделать Бьякуган. Благодаря этому, он узнал что Райга, погребенный под камнями еще жив, чего не смог различить Бьякуган Неджи.
Ранмару также способен создавать мнимые потоки чакры с помощью неизвестной красной пыли и скрывать свое присутствие. Эта техника особенно хорошо работала в тумане, который создавал Райга. В итоги, с помощью таких иллюзий можно было сбить с толку противника, что и произошло, когда Бьякуган Неджи сработал против него самого.

Shikotsu Myaku - Управление костями тела (клан Кагуя)
Использующие персонажи: Кимимаро
Ранг-ниндзютсу
Шикоцу Мьяку – наследная черта клана Кагуя. Клан Кагуя происходил из Водной страны и был известен своей кровожадность. Однажды, глупо напав на деревню Скрытого Тумана они все были уничтожены, кроме Кимимаро. Этот клан имел способность перераспределять кальций в теле, что позволяло им выращивать кости в любом месте, а также вытаскивая их использовать как оружие. Такие кости были прочнее стали. Используя различные стили тайджутсу, так называемые танцы, Кимимаро мог наносить большой урон противнику. А земная печать, которую дал Кимимаро Орочимару, позволяла ему использовать свои наследные способности в полной мере.

Souma no Kou - Атака пары злых духов (клан Укона и Сакона)

Использующие персонажи: Сакон, Укон
Дзютсу-гендзютсу
Соума но Кё – наследная черта братьев Сакона и Укона. Эта способность позволяла братьям разделять свои тела на молекулярном уровне или сливать их вместе. Укон улучшил эту способность, когда получил Проклятую печать второго уровня. Активизируя печать, он в состоянии сливать свое тело с телом врага, и разрывать его клетки. Эта техника убийства известна как Кисей Кикай.
С помощью чакры Укон мог по разному деформировать свои клетки и сливать их с клетками противника. Однако, если враг, с которым слился Укон будет ранен, то повреждение полностью отразится и на Уконе и останентся на нем, даже если он выйдет из тела жертвы. Неизвестно, обладал ли его брат Сакон той же способностью.
Эта наследная черта использовалась братьями в рукопашном бою, что давало им возможность удивить врага. Они могли отражать любые удары находясь в теле друг друга посредством появления своих собственных руг и ног.